フラスコを振る

某大で研究やってる人の日記です。科学や(自分の専門の)生物をもっと楽しんでもらいたい。Twitterは@nkjmu。

前回記事への御礼+α

こんにちは、nkjmyです。

 

前回は2018年最終日ということで学振に関する記事を書いて、

Twitterにも流したのですが、

そうすると、弱小アカウントの割に多方面に拡散され、

多くの方に読んでいただけたようです。

 

ここで、改めてアクセスいただいた方々に感謝申し上げます。

 

 

いや、学振というD進した人・したい人・する人にとっての関心事ということもあり?

(自分のフォロワーさんにそういう人が多い)

すごかった。

 

夕方の17時ごろにUPしたと思うんですが、

その日のアクセスが180くらいに達し、

 

月が明けて、1月では

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1/1が290くらいのアクセスという、

普段1日に10いくか行かないか、記事を書いたら20〜30/日くらいの当ブログとしては、

1ヶ月のアクセスが1日で来たみたいな感じになりました。

 

他の記事へのアクセスも多少ありますが、1200くらいのアクセスをこの1ヶ月でいただき、

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100をみたことはあったが、1000、はじめて。すごい。

 

ツイッターの宣伝でも

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インプレッションが11000くらいということで、

延べそれくらいのTLにこれが出現し、そのうち1割ほどがアクセスしてくれた感じですかね。

 

 

いや、ツイートにもあるし、記事でも触れたと思いますが、

本当に、アドバイスなんていう高尚なものではなく、

あくまで、「Cで落ちて凹むことはあっても、翌年笑えるかもよ」のケース紹介です。

 

面接待ちの人の結果も発表され、

私の審査区分「生物系科学」はおよそ21%くらいの採用率だったはずです。

 

つまりPDやのに、例年のDC並み。

 

もちろん、「運が良かっただけです」とはいいません。研究については、ちゃんと頑張ったし、指導・アドバイス・協力もたくさん仰ぎました。競争率的に残りの約8割の涙がある以上、謙遜しすぎはそういったすべての関係者に失礼になるという考えです。

 

いよいよあと2ヶ月で、今の大学を去るというのは、ちょっと実感がわきません。

 

7年も同じところにいたので。小学校より長い。

 

とりあえず後片付けを除き、

年度内に新属記載を共著者に投げるところまではいきたいし、

もう1つの新属記載はラボ内共著者に見せるくらいまではいきたい。

 

D論の残り2章分も2019年にはsubmitしたいので、この辺の整理、ストーリー構築も始めねばならん。

 

 

PDではちょっとメタゲノム解析にも触れていこうと考えていて、

その中でMAG(Metagenome Assembled Genome)で論文書いている例なんかも

直近の論文を漁らねば。

 

とりあえず、

 

これが1550のメタゲノム データを再解析した感じなのでこれから得られた7903のMAGデータを調べる(ことができるなら)ことから始めようかなと。

 

自分でも適当なメタゲノムデータをDLして、オンライン解析できるパイプラインに投げて遊ぶ(練習する)ことはしてみている。

 

とりあえずQC〜contig作成くらいまではなんかできた。

 

自分で調べたい遺伝子のfastaを作ってなんやかんや比較すれば、やりたい解析の下準備くらいはなんとかなるか?というあたり。

 

あと、

 

これは完全に身内ネタですが、

 

16S rRNA配列から、タイプ株との相同性を調べるのに、多くの人が?利用している、旧EzTaxon、現EzbioCloudが

 

16S解析だけではなく、

Genomeベースでの種推定、

メタ16S(いわゆる16S rRNAアンプリコンのメタゲノム的解析)、

比較ゲノム

なんかもできるようになり、

 

なかなか使い勝手がよくなって来ていると思う(どんくらいの参照データが使えるのかとか持ち込みデータがどうかというところまでちゃんと見れてへんけど)

 

www.ezbiocloud.net

 

しかし、自分がNCBIにアップした、~~ sp.のゲノムも比較ゲノム用にEzbioCloudに落とせたので、そこそこのものはざっと見るくらいに使えるのではなかろうか。

 

completeでなくても擬似的に丸いゲノムmapみたいなのを出せたり、

EggNogも勝手に出てくるし、contig、CDS予測もパパッと見られる。

 

今はまだ整備中やけども、

ショットガンベースのメタゲノム解析用アプリケーションも公開予定っぽい。

 

自分のように、「ちょっと使いたい」くらいの人にはちょうど良いか?

 

 

ではでは、

 

今日はこの辺で

 

終わり