ミルクボーイネタで知るProteobacteria門
(あくまでネタですが、*は最後に解説をつけています。)
ボケ：オカンがな、緑膿菌がどこの分類群に入るのか忘れてしもたらしいねん。
ツッコミ：緑膿菌の分類群忘れてまうなんて、どうなってんねそれ。
ボケ：でまあ色々聞くんやけどな 全然分からへんねんな。
ツッコミ：そんなんProteobacteriaやないかい、緑膿菌であるPseudomonasはもう完全にProteobacteriaやがな *1
ボケ：Proteobacteriaなぁ・・・でもこれちょっと分からへんのやな
ツッコミ：何が分からへんのよー
ボケ：いや俺もProteobacteriaやと思ってんけどな、オカンが言うには分類群の接尾語は、-otaになってた言うねんな *2
ツッコミ：あー、ほなProteobacteriaと違うかぁ。Proteobacteriaに、-otaって文字はないもんなぁ。
ボケ：そやねん
ツッコミ：他の情報、教えてくれる？
ボケ：綱の名前にギリシャ文字が入ってたらしいねん
ツッコミ：Proteobacteriaやないかい。Actinobacteriaも、Bacteroidetesも、他のどんな分類群も、ギリシャ文字なんて入ってへんやんか。
ボケ：まあねー。分からへんねんでも。
ツッコミ：何が分からへんのよ、これで。
ボケ：俺もProteobacteriaと思うてんけどな、オカンが言うには ギリシャ文字がつくグループは、3つだけって言うねんな *3
ツッコミ：ほなProteobacteriaちゃうやないかい。Proteobacteriaはalpha, beta, gamma, delta, epsilon, zetaの6個が使われてるねんで。そこにclass Oligoflexiaが加わってProteobacteriaやねんから。*4
ボケ：そやねんそやねん
ツッコミ：ホンマに分からへんがなこれ、どうなってんねんもう
ボケ：んでオトンが言うにはな、phylum BMS3Abin14ちゃうか？って言うねん *5
ツッコミ：いや絶対ちゃうやろ もうええわー
【解説・詳細】
*1: Proteobacteriaはグループの指標となるType Order(目)がPseudomonadalesであり、Type genus (属)がPseudomonasなので、
ある意味では、ProteobacteriaといえばPseudomonas。大腸菌Escherichia coliの方が有名だが、E. coliはOrder Enterobacteralesなので、全然違う。
参考: LPSN
*2: 最近、物議を醸し出した、Proteobacteriaを含む、伝統的に使われてきたbacteriaの門の名前の再案。
"Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes"
近年、門の名前の接尾語には-otaをつけようという流れがあるせいで、Actinoacteria、Bacteroidetes、Firmicutes、Proteobacteriaなどが犠牲に・・・。
Proteobacteriaは"Pseudomonadota"と提案されている。
参考:
博士論文で対象としたグループの1つである、family Rhodothermaceae (元々phylum Bacteroidetesの中の一群)がphylum Rhodothermaeotaに格上げされた時は
喜んだが、まさか伝統的な名前にメスが入るとは。
*3: Proteobacteriaは上記の通り、伝統的にはalpha, beta, gamma, delta, epsilon, zeta- proteobacteriaとされていたが、
ゲノム情報が大量に集まり、それらをもとにした系統解析、分類群の再編により、GTDB(Genome Taxonomy Database)では
alpha, gamma, zetaのみがphylum Proteobacteriaの中にあるギリシャ文字を冠したclass (綱)になってしまった。
詳細は、
・beta-proteobacteriaはgamma-の中に吸収されなくなった
・delta- はphylum Desulfobacterota (例えばDesulfovibrio属), phylum Desulfobacterota_B (例えばBinatus属), phylum Desulfobacterota_C (例えばDeferrisoma属), phylum Desulfobacterota_F (例えばDesulfuromusa属),
phylum SAR324, phylum Myxococcota (例えばMyxococcus属), phylum Campylobacterota (例えばDesulfurella属)などに分けられていった。Campyloなんて元々、epsilon-だろ、ふざけんな。
お気付きだと思うが、phylum DesulfobacterotaはGTDB上では、Desulfobacterotaの無印~ _B, C, D, E, F, Gまで別の門として扱っている。
・epsilon- はCampylobacterotaになっている。
・zeta-は据え置き
・GTDB的には他のclassとして、Magnetococciaが出されている(Magnetococcus属がここに入る。元々はalpha-proteobacteria)。Oligoflexiaは下記の通りProteobacteriaから外された。
*4: Oligoflexia綱はなんやかんやあって、今はBdellovibrinota門の中にあるので、Proteobacteriaではない。Myxococcota, Desulfobacterota, Bdellovibrinota周辺の系統解析、分類群の再編については、
"Proposal to reclassify the proteobacterial classes Deltaproteobacteria and Oligoflexia, and the phylum Thermodesulfobacteria into four phyla reflecting major functional capabilities" が出されている。
*5: 培養株がなく、メタゲノムのデータ(再構築されたゲノム Metagenome Assembled Genome: MAG)から提案されている数多くの「実態のよくわからない門」の1つ。
系統解析的には新規性が高いのかもしれないが、名前の付け方がアレ。
IJSEMから上記の提言?が出された以上、-ota 門に強制改変されるのは避けられないのかもしれないが、やはり正直言って慣れないし、やめてほしい。
あと、たびたび議論になることではあるが、実態のよくわからないMAG同士をあつめて、「とりあえず門な！綱な！、、、種な！」ってやるの、どうしたらいいんでしょうね。
最近メタゲノムをごりごり扱っていて、自分でも「お、これは新しいグループかもな」みたいにやってるので、アレなのだが。。。
終わり
