フラスコを振りながら

某大の博士課程の院生の日記です。科学や(自分の専門の)生物をもっと楽しんでもらいたい。

よく聞かれることを書き留めておく

こんばんは。

ちょっと本業や所属してるサークル?主催のサイエンスカフェの運営やらでばたばたしておさぼりしておりました。

 

 

世間は三連休ですが、

 

 

私は実験の都合上、ちょろっと昨日や明日は研究室にいけねばなりません。

微生物さんの様子を見たらすぐ帰りますけどね。

 

(昨日は突発的な大雨で帰れんくなったのでパソコン作業してたけど)

 

 

さて、微生物(というか細菌)の研究をしていて、よく聞かれる

 

「(細菌の)種ってどうやって決めるん?」

ということについて、そういや書いてへんかったなぁと。

 

ネタもないし、書いておこうかと

 

さて、サンプリングにいきます、

細菌を分離します、

遺伝子を抽出します、

高そうな分析機器にかけます、

 

 

 

ここは割愛。

 

 

さて、割愛はしますが、要は「細菌が持ってる遺伝子」が種の判定の鍵となります。

 

高そうな分析機にかける際、

遺伝子の中でも特定の部分をその判定の目安に利用します。

 

これが「16S rRNA」という部分で、「rRNA」というのは細胞の中でタンパク質をつくる工場で

「16S」というのは大きさのことです。(今は気にしなくていいです)

 

タンパク質は生命活動を司るあるいは、そもそも形作るため必須ですので、

その工場はとても重要。

 

frasco-shaking-ny.hatenablog.com

この記事で書いたように、遺伝子を文字数で表すとすると、

この工場の16Sという箇所は約1500文字でできています。

 

この1500文字を比較して「どれくらい似ているか」が97%を1つの目安にします。

 

 

・・・・さて、ここまでで既視感のある方、

そう、

 

frasco-shaking-ny.hatenablog.com

ここにちらっと触れているのです笑。

ネタの使い回し

 

ここで「目安」とした理由もちらっと書いていましたが、

 

実際は、遺伝子の一部分ではなく、遺伝子全体を比べる必要が。

 

その時、似てる度合いが「70%」というのがミソ。

 

全体を比べた時にいろんな相同性があるわけですね。

70%以下のもの(つまりは別種)70%以上のもの(つまりは同種)が色々あるわけです。

 

16S rRNAという部分をみると(お手軽で早い)、

97%以下になるものは全部、全体でみると70%以下にキレイに収まる

ということで別種の目安をお手軽に見る時は「16Sを97%の基準」となるわけです。

 

なので、(全体で)70%以下のものが絶対に(16S)で97%っていうわけではなく

98%だったり99%だったりも可能性としてあります。

 

これが「必要十分条件ではない」とかいた理由です。

 

 

さて、

この70%、どのくらい意味があるのか・・・?

 

 

 

 

特になし

 

人間の勝手な基準です

 

実際、新種として記載(登録)する場合は、この遺伝子での比較だけではどうにもならず、

 

どういうpHや塩分、温度で生えやすいのか、

どういう物質を分解できるのか、どういう物質でできているのか・・・

 

そういう「生理試験」と呼ばれるものをやって、

「このへんがちゃうねん」という主張が必要になります。

 

その「この辺がちゃうねん」を遺伝子で「えいやっ」と線引きした結果が

 

70%になったし、

お手軽でいうと、97%になったというわけ。

 

 

 

最後に、

細菌のおやつ・・・・じゃなくて最近のおやつ

 

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以前、スイカオレを買ったんですが、次はパパイヤ。

なかなか美味しかった。

 

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リッチなチョコレート。たしかにちょっといい風味でした。

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お土産にいただいた北海道のルタオのチョコ。

ルタオってチョコも売ってるんですね。

 

 

ではでは

 

今日はこの辺で

 

終わり